El personaje principal es Battler Ushiromiya, hijo del tercer hijo de Kinzo. Battler no ha estado en la isla ni en la coferencia anual desde hace seis años, ya que ha estado viviendo con sus abuelos maternos, porque tras la muerte de su madre, su padre Rudolf Ushiromiya, se casó rápidamente con su segunda esposa, Kyrie. Tras la muerte de sus abuelos, Battler decidió volver con Rudolf, Kyrie y sus media hermana Ange. Una vez en la isla, Battler vuelve a escuchar la historia de la bruja dorada Beatrice quien se supone que vive oculta en el bosque de la isla. Bajo su retrato en el pasillo de la casa, yace un acertijo que se supone que indica el lugar en el que Kinzo esconde diez toneladas de oro que Beatrice le dio para salvar a la familia Ushiromiya tras el gran terremoto de Kanto de 1923. Según Kinzo, la persona que consiga resolver el acertijo de la bruja recibirá todo el oro y se convertirá en el legítimo sucesor de la familia.

Una vez azotados por el tifón, una carta es enviada por Beatrice, la cual dicta que si no consiguien encontrar el oro, ella comenzara a cobrar el "interés", el cual es la vida de todos los habitantes de la isla. Ya que el acertijo de la bruja no es resuelto, ellos siguen muriendo, hasta que finalmente, la bruja revive. Los últimas cuatro victimas son transportadas a una sala, en la cuál Beatrice los convence de que todos fueron asesinados por métodos magicos, ya que no pueden encontrar una solucion logica para resolverlos, pero Battler, es la única persona que se niega a creer en tal cosa, por ello la puerta hacia la Villa Dorada (Como se estipulaba en el acertijo) no se puede abrir. A partir de entonces, Battler y Beatrice se sumergen en un juego en el que él deberá probar que todos los asesinatos que han ocurrido y ocurrirán en Rokkenjima pueden ser realizados por un culpable humano, mientras Beatrice trata de darle a todo un sentido mágico.

Uno de los elementos recurrentes en el juego, es el uso de la habitación cerrada por parte de Beatrice para confundir a Battler, a cambio se presentan algunos argumentos de lógica para explicarlos, qué son: la probatio diabolica, el cuervo de Hempel o paradoja del cuervo y el gato en la caja de Schrödinger. Si Beatrice consigue que Battler acepte a la magia, es su victoria; si Battler consigue darle a todo una explicación coherente, es la suya.